U mikrobiološkom laboratoriju se  prima mikrobiološki materijal, vrši izolacija i identifikacija mikroorganizama (bakterija, parazita i gljivica), mikroskopsko, kulturealno, serološko i  dijagnostičko ispitivanje. Ispitivanja mikroorganizama i parazita.

Šef laboratorija: dr. Dijana Avdić, specijalista mikrobiologije i parazitologije